Hiện nay trên thị trường có nhiều nhà cung cấp chữ ký số đảm bảo cho việc khai báo Hải quan điện tử như: Nacencom, NewCA, FPT, VNPT và Bkav.

Doanh nghiệp có thể chọn mua của các nhà cung cấp dịch vụ trên.

Chữ ký số là thiết bị tiêu chuẩn chung và có thể dùng để khai báo cho các ứng dụng khác nhau khi các ứng dụng này yêu cầu ký số. Do đó, doanh nghiệp có thể sử dụng chữ ký số khai báo thuế để khai báo Hải quan bình thường.

Để sử dụng chữ ký số này vào việc khai báo Hải quan, doanh nghiệp cần phải đăng ký tài khoản VNACCS cho thiết bị chữ ký số thông qua địa chỉ website Tổng cục hải quan: https://dknsd.customs.gov.vn/Pages/dn.aspx

Đồng thời đăng ký tài khoản khai báo TNTT V5 cho chữ ký số tại địa chỉ website: https://www.customs.gov.vn/SitePages/DangKyDoanhNghiepSuDungChuKySo.aspx

Doanh nghiệp đăng ký mua chữ ký số với DN cung cấp dịch vụ chữ ký số, bộ phận kinh doanh chữ ký số sau khi cấp thiết bị sẽ thực hiện đăng ký tài khoản VNACCS, tài khoản TNTT V5 giúp doanh nghiệp và gửi kèm thông tin tài khoản cùng thiết bị chữ ký số đến doanh nghiệp.

Chữ ký số, tài khoản khai báo sẽ sử dụng để khai báo được sau 01 ngày (nếu đăng ký thành công trước 22h ngày hôm này thì đến 09h sáng hôm sau là có thể sử dụng được).

Tài khoản khai báo VNACCS giống như Account kết nối với Hải quan trên hệ thống khai báo điện tử V4 nhưng có sự thay đổi về các thông số, cách thức đăng ký. Một doanh nghiệp có thể đăng ký nhiều tài khoản khai báo khác nhau, mỗi tài khoản tương ứng với một chữ ký số. Các tài khoản này được quản lý bởi một tài khoản gọi là Tài khoản quản trị. Để đăng ký và quản lý các tài khoản khai báo này, doanh nghiệp cần phải đăng ký Tài khoản quản trị trước.

Tài khoản khai báo TNTT V5 là tài khoản dùng để khai báo đến hệ thống TNTT V5 của Hải quan, hệ thống này tiếp nhận các chứng từ bào gồm: Danh mục, định mức các loại hình đặc thù Gia công, SXXK, Chế xuất; Các chứng từ đính kèm; Danh sách container; Báo cáo quyết toán....

Đăng ký tài khoản TNTT thực chất là việc cập nhật thông tin chữ ký số vào hệ thống Hải quan, để khi doanh nghiệp khai báo, hệ thống kiểm tra xem thông tin CKS này đã được đăng ký hay chưa và có chính xác thông tin hay không.

Doanh nghiệp đăng ký tại địa chỉ website: https://www.customs.gov.vn/SitePages/DangKyDoanhNghiepSuDungChuKySo.aspx

Có phải đăng ký tài khoản VNACCS. Khi tham gia khai báo đến hệ thống VNACCS/VCIS Doanh nghiệp bắt buộc phải có đầy đủ các yếu tố: 

- Thiết bị chữ ký số hay còn gọi là USB Token: Doanh nghiệp có thể tiếp tục sử dụng CKS đang khai báo trên hệ thống hải quan điện tử V4 nếu hạn sử dụng vẫn còn hiệu lực. 

- Tài khoản khai báo VNACCS được đăng ký gắn liền với chữ ký số khai báo: Mỗi chữ ký số sẽ được đăng ký là một tài khoản khai báo VNACCS (User ID).

Cách nhanh nhất để xử lý lỗi là DN liên hệ ngay với nhà cung cấp dịch vụ chữ ký số của DN để được hướng dẫn hỗ trợ khai báo.

Để thực hiện thủ tục khai hải quan điện tử, mỗi DN được cơ quan Hải quan cấp ID và chữ ký số để thực hiện quyền truy cập vào hệ thống thực hiện khai báo hải quan điện tử. Vì vậy khi DN khai báo Hải quan cần phải có thiết bị chữ ký số để khai báo tờ khai hàng hóa xuất nhập khẩu qua phần mềm VNACCS.

Quy trình thủ tục hải quan đối với hàng hoá nhận gia công cho thương nhân nước ngoài thực hiện tương tự như quy trình cơ bản thủ tục hải quan hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Ngoài ra, đối với loại hình này còn phải thực hiện các thủ tục sau:

1. Xây dựng định mức thực tế để gia công.

2. Thông báo cơ sở gia công; nơi lưu giữ nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị và sản phẩm xuất khẩu.

3. Kiểm tra cơ sở gia công; năng lực gia công, sản xuất.

4. Địa điểm làm thủ tục làm thủ tục hải quan.

5. Kiểm tra tình hình sử dụng, tồn kho nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị và hàng hoá xuất khẩu.

6. Báo cáo quyết toán.

Quy trình thủ tục hải quan đối với hàng hoá sản xuất xuất khẩu (SXXK) thực hiện tương tự như quy trình cơ bản thủ tục hải quan hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Ngoài ra, đối với loại hình này còn phải thực hiện các thủ tục sau:

1. Xây dựng định mức thực tế để sản xuất sản phẩm xuất khẩu.

2. Thông báo cơ sở sản xuất hàng hóa xuất khẩu; nơi lưu giữ nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị và sản phẩm xuất khẩu.

3. Kiểm tra cơ sở sản xuất hàng hóa xuất khẩu; năng lực sản xuất.

4. Địa điểm làm thủ tục làm thủ tục hải quan.

5. Kiểm tra tình hình sử dụng, tồn kho nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị và hàng hoá xuất khẩu.

6. Báo cáo quyết toán.